A bela igreja foi implantada em terrenos (pastos da Aparecida) de propriedade do Ten. Francisco José Dias Pereira, doados ao patrimônio paroquial por esse dinâmico cidadão, para o fim especial de nele edificar-se um templo sob a invocação da milagrosa Virgem. Firmino de Oliveira Melo foi o construtor da capela, cujas obras foram concluídas em 1862, recebendo, logo a seguir, a sagração mediante delegação do Bispado de São Paulo. Posteriormente, o Templo recebeu formas apreciáveis, com o objetivo de melhorar e ampliar suas instalações, tendo-se em vista o crescimento progressivo das atividades religiosas programadas para o culto a Nossa Senhora Aparecida e melhor abrigar o número crescente de peregrinos que ali comparecia anualmente. Ainda com o fim de atender às constantes romarias de fiéis, mais frequentes na ocasião do transcurso do Dia de Nossa Senhora, um novo projeto foi elaborado e executado, bem mais suntuoso, que também ampliou bastante a área anteriormente construída, transformando, assim, o templo na magnífica capela da atualidade. Concluída essa terceira e última reforma, o santuário foi inaugurado aos 07 de abril de 1919, com seu belo altar-mor, artisticamente talhado em madeira escura, no estilo gótico, possuindo em seu teto uma pintura de rara beleza, obra do notável pintor itajubense, Luiz Teixeira, retratando a Assunção de Nossa Senhora, sendo uma cópia da tela de Bartolomé Esteban Murillo. Desde então, o Santuário de Nossa Senhora Aparecida passa a oferecer à Cidade Presépio a magnitude de suas linhas arquitetônicas, que muito contribuíram para enriquecer o contexto urbanístico local.
